Jmol

Jmol, kimyasal yapıların 3 boyutlu moleküler modellenmesine yönelik bir bilgisayar yazılımıdır. Jmol, bir öğretim aracı olarak veya örneğin kimya ve biyokimya araştırmaları için kullanılabilecek bir molekülün 3 boyutlu temsilini döndürür. Java programlama dilinde yazılmıştır, dolayısıyla Java yüklüyse Windows, MacOS, Linux ve Unix işletim sistemlerinde çalışabilir. GNU Kısıtlı Genel Kamu Lisansı (LGPL) sürüm 2.0 kapsamında yayımlanan ücretsiz ve açık kaynaklı bir yazılımdır.

Jmol

Jmol programı ile streptavidin'in 3B yapısının gösterimi
Geliştirici	Jmol geliştirme takımı
İlk yayınlanma	2001 (24 yıl önce) (2001)
Güncel sürüm	16.3.7  22 Aralık 2024
Kod deposu	sourceforge.net/projects/jmol
Programlama dili	Java
İşletim sistemi	Çapraz platform
Platform	Java içeren sistemler ve Java içermeyen Web tarayıcılar
Diller	16 dil
Dil listesi Katalanca, Çince, Çekçe, Danca, Felemenkçe, İngilizce, Fransızca, Almanca, Macarca, Endonezce, İtalyanca, Korece, Portekizce, İspanyolca, Türkçe, Ukraynaca
Tür	Moleküler modelleme
Lisans	LGPL 2.0
Resmî sitesi	jmol.org

Popüler bir özellik, molekülleri çeşitli şekillerde görüntülemek için web sayfalarına entegre edilebilen bir uygulamadır. Örneğin moleküller top ve çubuk modelleri, boşluk doldurma modelleri, şerit diyagramlar vb. olarak gösterilebilir.

Ekran görüntüleri

•  
  Pyrococcus furiosustan bir H/ACA kutusu RNP'sinin kristal yapısı.
•  
  Hemoglobin tetramerindeki iki tuz köprüsü vurgulanmaktadır (hemo grubu sağ altta çubuklar halinde).
•  
  Bir DNA parçasına bağlı, ardışık üç çinko parmak motifi oluşturan bir transkripsiyon faktörü TFIIIA parçası.
•  
  Thermus thermophilustan öbakteriyel 70S Ribozom.
•  
  Jmol üzerinde alfa-amilaz. Asp 300:camgöbeği, glu 233:macenta ve asp 197:sarı renkle gösterilmiş.
•  
  Peptit Nükleik Asit (PNA) yapısı

Ayrıca bakınız

• Chemistry Development Kit (CDK)
• Moleküler mekanik modelleme için yazılımlar karşılaştırılması
• Özgür ve açık kaynak kodlu yazılım paketlerinin listesi
• Moleküler grafik sistemleri listesi
• Moleküler grafik
• Molekül editörü
• Proteopedia
• PyMOL
• SAMSON
• SMILES